Rosatom segir slysið hafa átt sér stað þegar verið var að gera tilraunir með vökvadrifna eldflaugarvél.
Starfsmennirnir þrír sem slösuðust brenndust alvarlega í slysinu.
Áður hafa yfirvöld sagt að tveir hafi látist og sex hafi slasast í sprengingunni á tilraunasvæðinu í Nyonoksa.
Fyrirtækið sagði í samtali við fréttastofur í Rússlandi að verkfræði- og tækniteymið hafi verið að vinna á „ísótópa orkugjafanum“ fyrir drifkerfi flaugarinnar.
Nánast öll eldflaugakerfi sem notuð eru af rússneska hernum eru prófuð í Nyonoksa, þar á meðal langdræg flugskeyti.
Yfirvöld í Severodvinsk, sem er staðsett 47 km. austur af Nyonoksa segja að geislunarstig hafi hækkað eftir sprenginguna en orðið eðlileg aftur eftir um 40 mínútur.
Almenningur á svæðinu hefur flykkst í apótek til að kaupa joð og eru joð byrgðir í borgunum Arkhangelsk og Severodvinsk búnar.
Á staðarfréttamiðli Arkhangelsk héraðs kemur fram að sjúkraflutningamenn sem sóttu slasaða til Nyonoksa hafi verið klæddir efnahlífðarfatnaði.
Á fimmtudag greindu yfirvöld í Severodvinsk að geislavirkni hafi hækkað töluvert í 40 mínútur, úr 0,11 míkrósívertum á klukkustund, sem talin er eðlileg geislun, upp í 2 míkrósívert. Ekki er talin hætta á geislatengdum veikindum þegar geislun nær 2 míkrósívertum.
Yfirvöld hafa nú fjarlægt tilkynningu sína um hækkunina af Internetinu. Fréttamenn BBC spurðu yfirvöld í Severodvinsk hvers vegna og var svar þeirra „vegna þess að þetta atvik heyrir undir varnarmálaráðuneytið.“
Varnarmálaráðuneytið hefur þverneitað fyrir að nokkur skaðleg efni hafi losnað út í umhverfið og að geislavirkni sé eðlileg.
Þetta er annað slysið sem á sér stað í tengslum við rússneska herinn í vikunni. Á mánudag dó ein manneskja og átta slösuðust þegar sprenging átti sér stað í hergagnalager í Síberíu.
Í sprengingunni skutust vopn á skóla og leikskóla í nágrenninu. Meira en 9,500 manns voru fjarlægð af heimilum sínum.
